扫码点餐系统在保护顾客隐私方面可以采取以下措施：

1. 遵循法律法规：确保扫码点餐系统的运营符合《网络安全法》《个人信息保护法》等相关法律法规的要求。这些法律对个人信息和数据安全提供了明确的保护原则，要求企业在处理个人信息时遵循小化、透明度和知情同意等原则。

2. 明确告知收集目的：在顾客使用扫码点餐系统前，应明确告知其收集个人信息的目的和用途，确保信息的收集具有合法性和正当性。

3. 限制信息收集范围：避免过度收集个人信息，只收集实现服务所必需的信息。例如，如果仅需要手机号码用于订单确认，就不应再额外收集用户的姓名、性别等信息。

4. 提供选择权：给予顾客自主选择的权利，不应强制要求顾客关注公众号、注册会员或提供不必要的个人信息才能进行点餐。

5. 加强数据加密：采用先进的数据加密技术，对收集到的个人信息进行加密存储和传输，防止数据被非法窃取或泄露。

6. 建立严格的访问控制机制：只有经过授权的人员才能访问和使用顾客的个人信息，并严格控制信息的复制、转发等行为。

7. 定期安全审计：定期对扫码点餐系统进行安全审计，检查是否存在潜在的安全隐患和漏洞，及时进行修复和加固。

8. 提高员工意识：加强对员工的培训，提高他们对个人信息保护的意识，确保他们在工作中严格遵守相关规定。

9. 设置物理屏蔽手段：在涉密场所使用手机屏蔽柜等设备，防止手机信号泄露敏感信息。

通过以上措施的实施，扫码点餐系统可以在提供便捷服务的同时，有效保护顾客的隐私权益。