企业灵活用工面临的挑战主要包括以下几个方面：

1. 人才招聘与培训：

2. 灵活用工人员来自不同领域和行业，招聘和培训难度较大。企业需要吸引和留住这些人才，提高他们的技能和效率。

3. 灵活用工的工作时间和工作方式具有很大的灵活性，可能导致人才流失或招聘困难等问题。

4. 运营管理：

5. 自由职业者地域分散，数量众多，个人信息搜集和鉴证难，服务过程难以标准化、精细化、可视化管理。

6. 当大量自由职业者发起结算时，需要众多财务人员处理繁杂的结算流程。

7. 成本及合规：

8. 企业与自由职业者的合作，实务中难以取得增值税普票或进项抵扣专票，大大增加了企业的运营成本。

9. 同时，企业发票链条并不完整，也无法满足企业的高合规性要求。

10. 组织管理：

11. 企业与自由职业者之间协作，如何让具有社会化属性的个人潜能得到大发挥、建立合作粘性，企业需要思考社会化的组织管理面临的挑战，以解决可持续性健康发展的问题。

12. 灵活用工可能带来一些风险，如人员流动性大、管理难度高、法律合规等问题。

13. 企业文化与团队建设：

14. 灵活用工往往意味着团队成员的流动性较大，这可能削弱团队的凝聚力和文化建设。

15. 长期远离传统办公室会造成远程员工与同事和办公室环境的隔离，灵活用工可能对工作场所的社交网络产生负面影响。

16. 信息安全：

17. 由于灵活用工是基于互联网进行文件传输，传输中的不确定性会成为工作中的障碍。在日益激烈的市场竞争环境下，薄弱的信息安全会成为企业竞争中的“软肋”。

18. 绩效考核：

19. 灵活用工的工作形式相对松散，传统的绩效考核体系难以直接应用。

20. 管理者无法对远程员工进行全面的绩效考核，因此，管理者对员工的信任机制是比较薄弱的。

总的来说，企业在面对灵活用工带来的挑战时，需要采取多方面的策略来应对。通过优化招聘和培训流程、建立完善的风险管理制度、加强合作伙伴关系、创新用工模式、保障员工权益、强化企业文化和团队建设、优化薪酬福利管理以及加强信息安全管理等措施，企业可以有效地克服灵活用工的挑战，实现灵活用工模式的健康发展。同时，企业还需要不断关注市场变化和行业趋势，以保持竞争力和活力。